Климат Новочебоксарска очень комфортный для проживания. Лето не слишком жаркое, часто дождливое (средняя температура +18°С), зима снежная и морозная (средняя температура -13°С). Влажность в городе повышенная, поэтому густые туманы в межсезонье не редкость. Ветер преимущественно юго-западный. Раньше, во времена функционирования химпрома, экология в городе была хуже некуда, а теперь после его закрытия все стабилизировалось.